Η οργάνωση του ΕΑΔ στοχεύει στη διασύνδεση και δικτύωση των μελών του ΕΑΔ εσωτερικά αλλά και με δίκτυα του εξωτερικού, καθώς και στην παροχή εξειδικευμένης γνώσης σε ζητήματα αγροτικής ανάπτυξης.
Η οργανωτική δομή του ΕΑΔ περιλαμβάνει:
- Την Ολομέλεια, στην οποία συμμετέχουν όλα τα μέλη του ΕΑΔ
- Τη Συντονιστική Επιτροπή, η οποία έχει συμβουλευτικό ρόλο ως προς τις ενέργειες που υλοποιούνται στο πλαίσιο λειτουργίας του ΕΑΔ
- Το Υποδίκτυο Καινοτομίας
- Το Υποδίκτυο των Ομάδων Τοπικής Δράσης
- Τις Θεματικές Ομάδες Εργασίας (ΘΟΕ)
- Τη Μονάδα Δικτύωσης και Δημοσιότητας (ΜΔΔ) της Ειδικής Υπηρεσίας Διαχείρισης του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020 (ΕΥΔ ΠΑΑ) η οποία υποστηρίζει την εύρυθμη λειτουργία του ΕΑΔ και διευκολύνει τη διαδικασία δικτύωσης.
Παράλληλα, στο πλαίσιο λειτουργίας του Εθνικού Αγροτικού Δικτύου, η Μονάδα Δικτύωσης και Δημοσιότητας της ΕΥΔ ΠΑΑ 2014-2020 συμμετέχει και συνεισφέρει στις δραστηριότητες και το έργο των Ευρωπαϊκών Δικτύων που έχουν συσταθεί με στόχο την προώθηση θεμάτων αγροτικής ανάπτυξης και συγκεκριμένα:
Το Ευρωπαϊκό Δίκτυο Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΔΑΑ/ENRD), σκοπός του οποίου είναι η δικτύωση των εθνικών ή και περιφερειακών Αγροτικών Δικτύων, Ευρωπαϊκών οργανισμών και εθνικών διοικήσεων που δραστηριοποιούνται στον τομέα της αγροτικής ανάπτυξης σε επίπεδο Ευρωπαϊκής Ένωσης, όπως προβλέπεται αναλυτικά στο Άρθρο 52 του Κανονισμού (ΕΕ) 1305/2013.
Το Δίκτυο Ευρωπαϊκής Σύμπραξης Καινοτομίας για την Παραγωγικότητα και Βιωσιμότητα της Γεωργίας (ΔΙΚΤΥΟ ΕΣΚ-ΓΕΩΡΓΙΑ/EIP-AGRI), το οποίο δημιουργήθηκε σύμφωνα με το Άρθρο 53 του Κανονισμού (ΕΕ) αριθ. 1305/2013 προκειμένου να υποστηρίξει την Ευρωπαϊκή Σύμπραξη Καινοτομίας και να διευκολύνει τη δικτύωση των Επιχειρησιακών Ομάδων, των συμβουλευτικών υπηρεσιών και των ερευνητών.
Τα κύρια χαρακτηριστικά της οργάνωσης του ΕΑΔ αφορούν:
- στη διασύνδεση και δικτύωση των μελών του ΕΑΔ η οποία πραγματοποιείται μέσω της Ολομέλειας, της Συντονιστικής Επιτροπής, των ΘΟΕ και των ίδιων των δράσεων του ΕΑΔ,
- στη συμμετοχή ειδικών εμπειρογνωμόνων που μπορούν να παρέχουν την αναγκαία εμπειρία και γνώση σε εξειδικευμένα και σύνθετα ζητήματα αγροτικής ανάπτυξης,
- στη συνεργασία όλων των εμπλεκόμενων με τη Μονάδα Δικτύωσης & Δημοσιότητας, η οποία είναι αρμόδια για τη συνολική υποστήριξη του ΕΑΔ,
- στη διασύνδεση και δικτύωση του ΕΑΔ με τα Ευρωπαϊκά Δίκτυα και τα Εθνικά Αγροτικά Δίκτυα των υπόλοιπων Κρατών-Μελών, μέσω της Μονάδας Δικτύωσης & Δημοσιότητας.
Η οργάνωση και ο τρόπος λειτουργίας του ΕΑΔ περιγράφονται αναλυτικά στο εγκεκριμένο Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020 (Κεφάλαιο 17) και εξειδικεύονται στο Σχέδιο Δράσης του ΕΑΔ.