Η οργάνωση του ΕΑΔ στοχεύει στη διασύνδεση και δικτύωση των μελών του ΕΑΔ εσωτερικά αλλά και με δίκτυα του εξωτερικού, καθώς και στην παροχή εξειδικευμένης γνώσης σε ζητήματα αγροτικής ανάπτυξης.
Η οργανωτική δομή του ΕΑΔ περιλαμβάνει:
- Την Ολομέλεια, στην οποία συμμετέχουν όλα τα μέλη του ΕΑΔ
- Τη Συντονιστική Επιτροπή, η οποία έχει συμβουλευτικό ρόλο ως προς τις ενέργειες που υλοποιούνται στο πλαίσιο λειτουργίας του ΕΑΔ
- Το Υποδίκτυο Καινοτομίας
- Το Υποδίκτυο των Ομάδων Τοπικής Δράσης
- Τις Θεματικές Ομάδες Εργασίας (ΘΟΕ)
- Οι Μονάδα Δικτύωσης και Δημοσιότητας (ΜΔΔ) ( μέχρι 1/2023) και έκτοτε η Μονάδες Προγραμματισμού και Δικτύωσης και η Μονάδα Διοικητικής και Τεχνικής Υποστήριξης και Δημοσιότητας της Ειδικής Υπηρεσίας Διαχείρισης του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020 (ΕΥΔ ΠΑΑ) υποστηρίζουν την εύρυθμη λειτουργία του ΕΑΔ καθώς και την δικτύωση.
Παράλληλα, στο πλαίσιο λειτουργίας του Εθνικού Αγροτικού Δικτύου, οι Μονάδες συνεισφέρουν στις δραστηριότητες και το έργο των Ευρωπαϊκών Δικτύων που έχουν συσταθεί με στόχο την προώθηση θεμάτων αγροτικής ανάπτυξης και συγκεκριμένα:
- Το Ευρωπαϊκό Δίκτυο Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΔΑΑ/ENRD), σκοπός του οποίου είναι η δικτύωση των εθνικών ή και περιφερειακών Αγροτικών Δικτύων, Ευρωπαϊκών οργανισμών και εθνικών διοικήσεων που δραστηριοποιούνται στον τομέα της αγροτικής ανάπτυξης σε επίπεδο Ευρωπαϊκής Ένωσης, όπως προβλέπεται αναλυτικά στο Άρθρο 52 του Κανονισμού (ΕΕ) 1305/2013.
- Το Δίκτυο Ευρωπαϊκής Σύμπραξης Καινοτομίας για την Παραγωγικότητα και Βιωσιμότητα της Γεωργίας (ΔΙΚΤΥΟ ΕΣΚ-ΓΕΩΡΓΙΑ/EIP-AGRI), το οποίο δημιουργήθηκε σύμφωνα με το Άρθρο 53 του Κανονισμού (ΕΕ) αριθ. 1305/2013 προκειμένου να υποστηρίξει την Ευρωπαϊκή Σύμπραξη Καινοτομίας και να διευκολύνει τη δικτύωση των Επιχειρησιακών Ομάδων, των συμβουλευτικών υπηρεσιών και των ερευνητών.
Τα κύρια χαρακτηριστικά της οργάνωσης του ΕΑΔ αφορούν:
- στη διασύνδεση και δικτύωση των μελών του ΕΑΔ η οποία πραγματοποιείται μέσω της Ολομέλειας, της Συντονιστικής Επιτροπής, των ΘΟΕ και των ίδιων των δράσεων του ΕΑΔ,
- στη συμμετοχή ειδικών εμπειρογνωμόνων που μπορούν να παρέχουν την αναγκαία εμπειρία και γνώση σε εξειδικευμένα και σύνθετα ζητήματα αγροτικής ανάπτυξης,
- στη συνεργασία όλων των εμπλεκόμενων με τη Μονάδα Δικτύωσης & Δημοσιότητας, η οποία είναι αρμόδια για τη συνολική υποστήριξη του ΕΑΔ,
- στη διασύνδεση και δικτύωση του ΕΑΔ με τα Ευρωπαϊκά Δίκτυα και τα Εθνικά Αγροτικά Δίκτυα των υπόλοιπων Κρατών-Μελών, μέσω της Μονάδας Δικτύωσης & Δημοσιότητας.
Η οργάνωση και ο τρόπος λειτουργίας του ΕΑΔ περιγράφονται αναλυτικά στο εγκεκριμένο Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020 (Κεφάλαιο 17) και εξειδικεύονται στο Σχέδιο Δράσης του ΕΑΔ.